Часть ЭПР, где к мембранам прикреплены рибосомы, относят к шероховатому (гранулярному) эндоплазматическому ретикулуму, в нем происходит синтез белков. Те компартменты (части клетки), на стенках которых нет рибосом, относят к гладкому ЭПР, принимающему участие в синтезе липидов. Также ЭПС выполняет транспортную функцию, перемещая синтезированные на ней вещества к другим органоидам.
В цистернах аппарата Гольджи созревают некоторые белки, синтезированные на мембранах гранулярного ЭПР и предназначенные для секреции или образования лизосом. То есть это органоид, который модифицирует и упаковывает синтезированные в клетке вещества и побочные продукты для дальнейшей секреции или расщепления.
Лизосомы предназначены для расщепления сложных органических веществ на простые. Это могут быть вещества, синтезированные самой клеткой, но находящиеся в избытке или уже утратившие свои функции.
Еще одна из функций лизосом – автолиз – то есть расщепление отдельных органоидов и участков цитоплазмы клетки.
Вакуоли развиваются из мембранных пузырьков – провакуолей. Провакуоли являются производными эндоплазматического ретикулума и комплекса Гольджи, они сливаются и образуют вакуоли.
Различают пищеварительные и сократительные (пульсирующие) вакуоли, регулирующие осмотическое давление и служащие для выведения из организма продуктов распада.